حکومت جمهوری اسلامی ایران با روشنفکران و دانشمندان از زمان تشکیل تا حالا سر ستیز داشته و آن‌ها را تهدیدی برای موجودیت حکومت خود تلقی کرده است.
دانشمندان و متخصصینی در زمان جمهوری اسلامی توانسته‌اند در امنیت و آسایش زندگی کنند که علم و اطلاعات خود را در جهت خدمت به منافع ایدئولوژیک حکومت ایران بکار گرفته باشند.
نگاه غیرعقلانی و ایدئولوژیک محافظه کاران جمهوری اسلامی به علم و عالمان باعث شده که آنان در جهت زدودن علوم انسانی که در نجات بشریت از سنت گرایی و تغییر جوامع انسانی از جامعه سنتی به جوامع مدرن نقش تعیین کننده‌ای داشته است از دانشگاههای ایران بزدایند، به جای آن فقه سنتی و تعالیم دینی که با علوم امروزی و تفکرات عقلانی در تضاد عام و خاص می‌باشد به زور بر جامعه دانشگاهی کشور تحمیل کنند.
فشار بر دانشگاهیان و اساتید از بدو تشکیل حکومت جمهوری اسلامی جز سیاست‌های اصلی حکومت بوده است. در دهه اول حکومت اسلامی ایران بسیاری از اساتید، دانشجویان و معلمان دگراندیش در چهارچوب مصوبات انقلاب فرهنگی که به اسلامی کردن دانشگاه‌ها معروف گشت، به اتهام غربزدگی و ارتباط با گروه‌های مخالف حکومت از دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی پاک سازی شدند. برخی از آنان با اتهامات واهی اعدام شده و بسیاری از آنان به حبس‌های طولانی مدت محکوم شدند. عده کثیری از نخبگان و دانشمندان و نخبگان علمی کشور هم به دلیل تبعیضات و فشارهای موجود و دید امنیتی و سیاسی سیاست مداران بر علم و نبود آزادی و فرصت‌های برابر برای شکوفایی استعدادهای خود مجبور به ترک کشور شده و در کشورهای غربی به فعالیت‌های علمی و پژوهشی خود مشغول شدند.
بازنشسته کردن اجباری اساتید هم در زمان رئیس جمهوری احمدی‌نژاد شدت بیشتری به خود گرفت. بیشتر اساتید با سابقه دانشگاه‌ها به دلیل نداشتن تفکرات رادیکال اسلامی و تفکرات همسو با تیم محافظه کار و تندروی حکومت با فشار ارگان‌های امنیتی حکومت ایران بر دانشگاه‌ها به طور اجباری بازنشسته شدند و از فعالیت علمی در دانشگاه‌ها منع شدند. برخی از آنان مانند مسعود علی محمدی توسط نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی به خاطر نزدیکی به جنبش سبز ترور شدند و حکومت جمهوری اسلامی سرویس‌های اطلاعاتی غربی را متهم کرد که باعث ترور دانشمندان ایرانی شده‌اند. در حقیقت حکومت ایران می‌خواست با این کار بر این جنایات خود سرپوش بگذارد و اتهامات را از خود دور کند.
امید کوکبی، دانشمند هسته‌ای، پیرو مذهب اهل سنت و ترک ترکمن، محبوس در بند ۳۵۰ زندان اوین می‌باشد که سال ۱۳۸۹ زمانی که دانشجوی دوره فوق دکترا در دانشگاه تگزاس آمریکا در رشته فیزیک هسته‌ای گرایش لیزر بود و برای دیدار با خانواده خود به ایران آمده بود بازداشت شده، بیش ازسه سال است که در زندان اوین به سر می‌برد.
گفتنی است این دانشمند جوان به علت رد همکاریهای امنیتی و نظامی در زمینه فیزیک اتمی در تاریخ ۱۰ بهمن ۱۳۸۹ پس از آخرین دیدارش درمعاونت سازمان انرژی اتمی ایران برای توافق بر سر درخواست همکاری و در حین بازگشت به دانشگاه محل تحصیل در تگزاس در فرودگاه امام خمینی تهران، به اتهام اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی بازداشت شد، در نهایت با تبرئه شدن از این اتهام و همچنین اتهام جاسوسی، به اتهام ارتباط با دولت متخاصم آمریکا، پس از ۱۵ ماه بازداشت موقت غیرقانونی، توسط ابولقاسم صلواتی قاضی شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران به ۱۰ سال حبس تعزیری محکوم شده است و در حال حاضر بیش از ۳ سالی است که زندانی است و در بند ۳۵۰ زندان اوین در حال سپری کردن دوره محکومیت ۱۰ ساله خود می‌باشد.
در دوران تحصیل هم، چندین بار از طرف نهادهای نظامی و امنیتی دعوت به همکاری شده بود که از وی خواسته بودند که با پروژه‌های موشکی و برنامه غیر صلح آمیز هسته‌ای مورد نظر حکومت که در صورت موفقیت و تحقق ساخت بمب هسته‌ای می‌توانست صلح و امنیت جهانی را به مخاطره بیندازد، همکاری کند که از طرف او پذیرفته نشده بود. بعد از زندانی شدن هم مجددا با وی مذاکره شد که در پروژه‌های نظامی مورد نظر آنان با آن‌ها همکاری کند و وی باز هم نپذیرفته و گفته من با پروژه‌هایی که حاوی اطلاعات محرمانه باشد، تمایلی به همکاری ندارم.
امید کوکبی به گفته خودش تا حالا هیچ فعالیت سیاسی نداشته، اقرار‌ها و اعترافات وی تحت فشار‌ها و شکنجه ماموران امنیتی در طول بازداشت بوده که اعتبار ندارد و طی نامه‌ای به صادق لاریجانی رئیس قوه قضائیه بر بی‌اعتبار بودن اعترافاتش تحت شکنجه تاکید کرده است.
برای برنامه مشکوک اتمی ایران تاکنون چندین دهه وقت صرف شده و این برنامه ناموفق میلیارد‌ها دلار هزینه را برای مردم ایران تحمیل کرده و هیچ کدام از پروژه‌ها تا به امروز به بهره برداری نرسیده است. برنامه هسته‌ای ایران عامل بدبختی مردم ایران بوده و سیاست خارجی مبتنی بر عدم سازش حکومت ایران با جامعه جهانی در خصوص برنامه هسته‌ای خود تحریم‌های شدید بین المللی، انزوای شدید سیاسی در سطح جامعه جهانی، فقر و گرسنگی در داخل کشور، فساد اقتصادی، سیاسی و اجتماعی را به ارمغان آورده است. هدف حکومت ایران از پافشاری برای تداوم برنامه هسته‌ای، دستیابی به بمب هسته‌ای در کوتاه‌ترین زمان ممکن می‌باشد. در صورت رسیدن ایران به بمب اتمی احتمال اینکه از آن بر علیه بشریت، حتی مردم خود استفاده کند زیاد هست. نمونه بارز این جنایت علیه بشریت را در همپیمان و متحد استراتژیک حکومت ایران یعنی حکومت بشار اسد در استفاده از سلاح شیمیایی بر علیه مردم خود که منجر به کشته شدن نزدیک به ۱۵۰۰ از غیر نظامیان گردید شاهد بودیم. چه تضمینی وجود دارد، حکومت ایران که یکی از عاملان اصلی بی‌ثباتی در جهان می‌باشد و در داخل کشور هم حقوق مردم خود را بشدت نقض می‌کند پس از دستیابی به بمب اتمی که محصول علم دانشمندان و متخصصین می‌باشد اقدامی مشابه جنایت حکومت بشار اسد و یا حتی شدید‌تر از آن برعلیه شهروندان خود انجام ندهد. امید کوکبی فارغ از منسوبیت مذهبی و قومی وجدان بیداری است که خواسته‌های نامشروع حکومت ایران را که تهدیدی برای ثبات جهانی بشمار می‌آید، رد کرده و در حال حاضر تاوان نافرمانی مدنی خود در برابر زورگویی حکومت ایران، برای پایداری صلح و امنیت جهانی را می‌دهد.
این اقدام حاکمیت اسلامی ایران مغایر با اصول مندرج در اعلامیه جهانی حقوق بشر می‌باشد. بر اساس این اعلامیه تمام ابنای بشر آزاد به دنیا می‌آیند و هیچ فردی را نمی‌توان با زور وادار به انجام کاری کرد. این عمل به معنای سلب تمام عیار حقوق و آزادی‌های فردی می‌باشد که در اعلامیه‌ها و کنوانسیون‌های حقوق بشری بین المللی به آن تاکید شده که کشورهای امضا کننده این معاهدات ملزم به عمل به مفاد آن‌ها می‌باشند که دولت ایران هم جز آنان است. بر طبق ماده ۸ میثاق بین المللی حقوق مدنی و سیاسی هیچ کسی را نمی‌توان به بردگی و یا کار اجباری وا داشت، انتخاب اختیاری شغل و همکاری اختیاری، جز آزادی‌های بنیادین بشر می‌باشد. حکومت جمهوری اسلامی با نقض آشکار مفاد این میثاق بین المللی می‌خواهد افراد و اندیشمندان را به بردگی اجباری برای تحقق اهداف ضد انسانی حکومت غیر مردمی خود، وا دارد.
در نتیجه امید کوکبی قربانی عدم همکاری در پروژه‌هایی شده است که حکومت جمهوری اسلامی ایران قصد دارد از آن برای محو بشریت بهره بگیرد و در صورت موفقیت در آن و دستیابی به سلاح هسته‌ای، آن را به عنوان ابزار تهدید علیه جامعه جهانی بکار گیرد. این حکومت با توجه به نگرش آخرالزمانی که دارد می‌خواهد از این طریق بقای حکومت ضد بشری خود را تضمین کند.
نخبه جوان ترکمن با رنج‌هایش برای حکومت ایران و جهانیان ثابت کرده، علم باید در خدمت بشریت باشد نه بر علیه آن. با اینکه حکومت ایران توانسته با استفاده از قدرت قوه قهریه خود این دانشمند جوان را از لحاظ فیزیک در بند بکشد، ولی تا کنون نتوانسته بنیادین آزادی بشری را که ویکتور فرانکل، روان‌شناس اتریشی از آن به عنوان آخرین آزادی بشر نام می‌برد، از او سلب کند. آن آزادی انتخاب اختیاری راه، گزینش رفتار و آزادی در نحوه اندیشیدن در شرایط سخت موجود می‌باشد و احکام حبس طولانی مدت، اعمال شکنجه، تبعید، اعدام و... هزینه‌هایی است که آزاداندیشانی همچون امید کوکبی برای تحقق آن در جامعه ایران از زمان تشکیل سیستم استبدادی جمهوری اسلامی تا کنون پرداخته‌اند.
